Sinkimium endobiotikum menyebabkan penyakit kutil kentang. Sinkimium endobiotikum merupakan parasit obligat yang tidak menghasilkan hifa melainkan sporangia yang mengandung zoospora motil. Sporangia musim panas berdinding tipis dan berumur pendek. Mereka terbentuk di jaringan kentang dan menimbulkan infeksi zoospora baru. Spora istirahat (kadang-kadang juga disebut sebagai sporangia musim dingin, spora musim dingin, sori istirahat atau sori musim dingin) berdinding tebal dan tetap dapat bertahan untuk jangka waktu yang sangat lama bahkan tanpa inang. Ini dapat diproduksi sepanjang musim tanam. Mereka dilepaskan dari kutil yang membusuk ke dalam tanah. Diagnosis S. endobioticum menyangkut tanaman, tempat kutil mungkin terbentuk, dan tanah, yang mungkin terbentuk
membawa spora istirahat.
Banyak patotipe (ras) telah dijelaskan dalam S. endobiotikum . Hal ini ditentukan oleh virulensinya terhadap kultivar kentang yang berbeda. Patotipe 1 (D1) sekarang jarang dilaporkan menginfeksi kentang di Eropa karena hanya sedikit kultivar kentang yang rentan terhadapnya, tampaknya karena adanya resistensi yang dominan pada inangnya. Patotipe lain kini dilaporkan lebih sering terjadi di Eropa Barat, dan khususnya ditemukan di daerah pegunungan yang banyak hujan di Eropa Tengah dan Timur. Mereka juga terjadi di luar Eropa (misalnya di Newfoundland, Kanada, dan Turki bagian Asia). Resistensi terhadap patogen ini jarang terjadi sehingga pengendaliannya lebih sulit. Patotipe selain 1(D1) dibedakan berdasarkan virulensi yang berbeda terhadap kultivar kentang tertentu, namun sebaliknya tampaknya lebih erat hubungannya satu sama lain dibandingkan dengan patotipe 1(D1). Tindakan internal yang direkomendasikan di negara-negara EPPO mengharuskan patotipe diidentifikasi.
Identitas sporangia musim panas atau spora istirahat yang diamati di bawah mikroskop dapat dikonfirmasi dengan PCR konvensional,
dan PCR waktu nyata. PCR konvensional didasarkan pada spacer transkripsi internal wilayah DNA ribosom (ITS) dengan primer maju yang dianil ke ITS1 dan primer terbalik dianil ke ITS2. PCR real-time dari van Gent-Pelzer dkk. (2010) berdasarkan ITS2. PCR real-time dari Smith dkk. (2014) yang dijelaskan di sini didasarkan pada ribosom subunit kecil (SSU).
DNA (18S rDNA). PCR waktu nyata yang dikembangkan oleh Bonants et al. (2015) didasarkan pada polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) terkait patotipe 1(D1) yang diidentifikasi menggunakan analisis Reduksi Kompleksitas urutan polimorfik (CRoPS). Saat menggunakan bahan kutil kentang, kontrol isolasi positif internal yang menargetkan gen COX tanaman digunakan untuk memantau efektivitas isolasi DNA. Patotipe 1(D1) dapat dibedakan dari setidaknya patotipe 2(G1), 6(O1) dan 18(T1) dengan PCR waktu nyata.
Referensi: PM 7/28 (2) Sinkimium endobiotikum. Buletin EPPO, 47: 420–440. https://doi.org/10.1111/epp.12441
